구마모토공항은 1960년4월1일 구마모토시의 중심부로부터 동쪽으로 약7Km에 위치하는 구마모토시 겐군마치에 있는 옛 육군비행장지 일부 1,200m×30m의 활주로를 소유한 제2종 공항으로서 공용을 시작했다. 그 뒤, 공항여객수요의 격증에 대응하기 위해 활주로를 2,000m로 연장하는 계획이 세위졌으나, 용지 매수의 곤란과 젝트기 취항에 대한 소음문제가 우려되어 계획을 단념하고 이전하는 방향으로 방침을 바꾸었다. 1966년에는 후보지인 다카유바루대지에서 비행조사, 기상조사를 실시하고 새로운 구마모토공항의 위치가 이 곳으로 정해졌다.

　그리고 1967년도를 기초년도로 하는 제1차 공항정비 5개년 계획이 추진되고, 1968년10월에 2,000m×45m의 활주로 건설이 시작되었다.
도중 구마모토현의 요망이나 대형 비행기의 취항이 예측되어, 활주로를 500m연장하여 2,500m로 변경하고 1971년4월1일에 새로운 구마모토 공항이 탄생되었다.

　그 위에 제3차 공항정비 5개년 계획에서 활주로를 또다시 500m연장하는 것으로 결정되고 3,000m활주로가 1975년4월에 공용을 개시하였다.

　그동안 당공항은 표고 193m의 돈대에 위치하고 있어 안개가 발생하기 쉬워 장년에 걸쳐 취항율의 향상이 과제였었다. 이에 대한 대책으로 1991년도부터 ⅠLS, 비행기 등화 등 고도화 정비를 실시하고, 1995년 9월부터 일본 처음인 저 시정 시에도 활주로까지 유도가 가능한 CAT-Ⅲ운항이 시작되어, 취항율과 정시성 등이 비약적으로 개선되었다.

　또, 항공기 소음에 대처하기 위해, 1975년6월에 이른바 항공기소음방지법에 근거하는 특정 비행장으로 지정되어 대책을 실시하고 있다.